Fiji: Bildverarbeitung für Biotechnologie und Toxikologie Schulung

Einführung in Fiji und ImageJ

• Überblick über Fiji sowie dessen Anwendungsbereiche in der wissenschaftlichen Forschung
• Einblick in die Architektur von ImageJ und dessen Plugins
• Installation sowie Konfiguration von Fiji für optimale Leistungsfähigkeit

Grundlegende Techniken der Bildverarbeitung

• Erfassung und Import verschiedener Bildformate
• Anpassung von Kontrast, Helligkeit sowie Anwendung von Filtern
• Methoden zur Zusammenführung mehrerer Bilder und deren Projektion

Fortgeschrittene Bildanalyseverfahren

• Segmentierungstechniken: Schwellwertbestimmung sowie Kantenerkennung
• Zählung von Objekten und Partikelanalyse in histologischen Proben
• Messung von Flächen, Umfängen sowie weiteren morphologischen Merkmalen

Arbeit mit biologischen Proben

• Verarbeitung von Bildern aus histologischem Gewebe, Blutzellen und Algen
• Farbauflösung sowie Analyse gefärbter Gewebeproben
• Zeitraffer-Analyse und Nachverfolgung von Zellbewegungen

Automatisierung und individuelle Anpassung

• Erstellung sowie Ausführung von Makros zur Automatisierung wiederkehrender Aufgaben
• Nutzung spezialisierter Fiji-Plugins für komplexe Analysen
• Einführung in die ImageJ-Makrosprache (IJM)

Datenmanagement und Berichterstellung

• Export von Ergebnissen sowie Erstellung detaillierter Berichte
• Annotation von Bildern und Vorbereitung der Daten für wissenschaftliche Publikationen
• Richtlinien zur reproduzierbaren Bildanalyse

Zusammenfassung und weitere Schritte