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Schulungsübersicht
Einführung in die Programmiersprache Python.
- Warum Python?
- Verwendung von Python zum Umgang mit biologischen Daten
- Arbeiten mit der iPython-Shell
- Dein erstes Programm
- Schreiben von Python Skripten
- Module importieren
Arbeiten mit Protein- und RNA/DNA-Sequenzen
- Motive finden
- Transkription und Übersetzung in silico
- Umgang mit Sequenzausrichtungen
Parsen von Daten in verschiedenen biologischen Formaten
- FASTA analysieren
- Konvertierungen von Datenformaten
Durchführung biologischer Analysen
- EXPLOSION
- Accessing biologische Webdienste
Umgang mit biologischen 3D-Strukturen mit Python
Python erleichtert die statistische Analyse
Daten visualisieren
- Erstellen von Balken- und Streudiagrammen
- Berechnen einer Fläche unter der Kurve (AUC)
Arbeiten mit XLS- und CSV-Dateien
- Importieren von Daten aus und Exportieren nach MS Excel / OpenOffice Calc
- Schreiben von XLS- und CSV-Dateien
Verwenden von Python zum Erstellen einer automatisierten Datenverarbeitungspipeline
Voraussetzungen
Biologische Grundkenntnisse über Protein-, RNA- und DNA-Sequenzen.
28 Stunden